Abstract Dry leaves and twigs of yerba mate are widely infusion-consumed in southern Southamerica. Endemic and adapted to the Atlantic Forest, its extensive full-sun monoculture links to diverse biotic (pest, pathogens) and abiotic stresses (solar radiation, drought), impacting its productivity, ecology and socioeconomic niche. We focused in comprehensively characterize the DNAJ gene family in yerba mate to predict its possible roles on development and diverse stress responses to further assist crop manage. Our results suggest that yerba mate DNAJ proteins account 140 diverse members of six structural types displaying potential variable roles in protein homeostasis control. We were able to classify them into 51 distinct orthology groups, in agreement to Arabidopsis, and performed translational genomics of function, localization, expression and stress responsiveness data. Genome mapping and expression analysis indicated that yerba mate DNAJ genes differ in expression, nucleotide composition, length and exon-intron structure. Intronless or few introns genes -linked to rapid stress response- accounted 85 DNAJs. Promoters of DNAJ genes harbored a 73.2% of cis-acting regulatory elements involved in response to diverse stresses, hormones and light, simultaneously. We hypothesize that yerba mate DNAJs assist to plant survival during multiple stresses linked to current dominant agroecosystem but promote its growth under shade.

Resumen Las hojas y ramitas secas de yerba mate son ampliamente consumidas como infusión en el sur de Sudamérica. Endémica y adaptada a la Mata Atlántica, el monocultivo extensivo de esta planta a pleno sol se vincula a diversos estreses bióticos (pestes, patógenos) y abióticos (radiación solar, sequía) que impactan en su productividad, ecología y nicho socioeconómico. El objetivo de este trabajo fue caracterizar exhaustivamente la familia de genes DNAJ en yerba mate a fin de predecir sus posibles roles en el desarrollo y en las respuestas a diversos estreses para así contribuir al manejo del cultivo. Nuestros resultados sugieren que las proteínas DNAJ de yerba mate contabilizan 140 miembros diversos de seis tipos estructurales, con diferentes roles potenciales en el control de la homeostasis proteica. Asimismo, fueron clasificadas en 51 grupos ortólogos distintos, de acuerdo con Arabidopsis, y se realizó la genómica traslativa de datos de función, localización, expresión y respuesta a estrés. El mapeo genómico y los análisis de expresión indicaron que los genes DNAJ de yerba mate difieren en expresión, composición nucleotídica, longitud y estructura exón-intrón. Se encontró que 85 genes DNAJ no presentan o poseen pocos intrones -ligados a una rápida respuesta a estrés-. Los promotores de genes DNAJ albergan un 73,2 % de elementos reguladores en cis involucrados en respuesta a diversos estreses, hormonas y luz, simultáneamente. Así, proponemos que las DNAJs de yerba mate asisten a la planta en su supervivencia durante múltiples estreses ligados al actual agroecosistema dominante, mientras que bajo sombra promueven su crecimiento.

RESUMEN El filtrado de secuencias es un paso esencial sin importar el tipo de tecnología aplicada para la secuenciación de un genoma, en el cual las lecturas de baja calidad o una parte son eliminadas. En un ensamblado la construcción de un genoma se realiza a partir de la unión de lecturas cortas en cóntigos. Algunos ensambladores miden la relación que existe entre secuencias de una longitud fija (k-mer) que puede verse afectada por la presencia de secuencias de baja calidad. Un enfoque común para evaluar los ensamblados se basa en el análisis del número de cóntigos, la longitud del cóntigo más largo y el valor del N50, definido como la longitud del cóntigo que representa el 50 % de la longitud del conjunto. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de lecturas crudas y filtradas en los valores de los parámetros de calidad obtenidos en el ensamblado del genoma de Bacillus altitudinis 19RS3 aislada de Ilex paraguariensis. Se realizó el análisis de calidad de ambos archivos de partida con el software FastqC y se filtraron las lecturas con el softwareTrimmomatic. Para el ensamblado se utilizó el software SPAdes y para su evaluación la herramienta QUAST. El mejor ensamblado para B. altitudinis 19RS3 se obtuvo a partir de las lecturas filtradas con el valor de k-mer 79, que generó 16 cóntigos mayores a 500 pb con un N50 de 931 914 pb y el cóntigo más largo de 966 271 pb.

ABSTRACT Sequence filtering is an essential step regardless of the type of technology applied for sequencing a genome, in which low-quality readings or a portion are eliminated. In an assembly, the construction of a genome is carried out from the union of short reads in contigs. Some assemblers measure the relationship between sequences of a fixed length (k-mer) that can be affected by the presence of low-quality sequences. A common approach to evaluating assemblies is based on the analysis of the number of contigs, the length of the longest contig, and the value of N50 defined as the length of the contig representing 50 % of the length of the assembly. In this context, the objective of this study was to evaluate the effect of the use of crude and filtered reads on the values of the quality parameters obtained from the genome assembly of Bacillus altituidinis 19RS3 isolated from Ilex paraguariensis. The quality analysis of both starting files was performed with the FastqC software and the readings were filtered with the Trimmomatic software. The SPAdes software was used for the assembly and the QUAST tool for its evaluation. The best assembly for B. altitudinis 19RS3 was obtained from the filtered readings with the value of k-mer 79, which generated 16 contigs greater than 500 bp with a N50 of 931 914 bp and the longest contig of 966 271 bp.

Abstract A promising alternative for insect pest control in agriculture is the use of entomopathogenic fungi. The objectives of this work were to isolate and identify morphologically and molecularly strains of entomopathogenic fungi from crops of agricultural and forestry interest for the development of insect biocontrol technologies in Argentina. Three strains of Beauveria bassiana, and two strains of Metarhizium anisopliae were isolated and morphologically identified. Identity values greater than 99% with strains of B. bassiana and M. anisopliae were obtained in molecular databases. It was also confirmed by phylogenetic methods that the sequences obtained from these strains were positioned within the clade that contained the sequences of reference of B. bassiana and M. anisopliae respectively. These results deepen the knowledge of the mycobiota of Argentinian crops as a basis for the development of biotechnological products in the area of biological control.

Abstract Escovopsis is a genus recently described for which 5 new species have described in the last 6 years. The identification of fungal species is based on morphological structures. Currently, the use of genetic markers based on ribosomal DNA (rDNA) sequences has gained acceptance in numerous applications, such as the molecular identification of the fungal diversity. The objective of this work was to isolate and identify morphologically and molecularly Escovopsis strains native from Argentina. Three strains of Escovopsis were isolated from different samples of soil and fungal gardens from nests of leaf-cutting ants. Taxonomic identification and subsequent DNA extraction was carried out. The ITS1-5.8S-ITS2 region of the rDNA was amplified. This is the first work that records the isolation and morphological identification of strains of fungi of the genus Escovopsis native of Misiones (Argentina): 2 belonging to E. weberi and 1 to E. microspora. Particularly, for the E. microspora strain, it was possible to complement the morphological identification with molecular methods and phylogenetic analysis. The nucleotide sequence obtained from E. microspora represents a contribution for future studies in the area of molecular analysis of the ITS1-5.8S-ITS2 region of the genus Escovopsis.

Resumen Escovopsis es un género descrito recientemente para el cual se han reportado 5 nuevas especies en los últimos 6 años. La identificación de especies fúngicas está basada en la morfología de las estructuras reproductivas. Actualmente, el uso de marcadores genéticos basado en secuencias del ADN ribosomal ha ganado aceptación en numerosas aplicaciones, como la identificación molecular de la diversidad fúngica. El objetivo del presente estudio fue aislar e identificar morfológica y molecularmente cepas de Escovopsis nativas de Argentina. A partir de muestras de suelo y cultivos de hongos de nidos de hormigas cortadoras de hojas se aislaron 3 cepas de Escovopsis. Se realizó la identificación taxonómica y posterior extracción de ADN. Se amplificó la región ITS1-5,8S-ITS2 del ADNr. Este es el primer trabajo que registra el aislamiento e identificación morfológica de cepas del hongo biocontrolador del género Escovopsis nativas de Misiones (Argentina): 2 pertenecientes a la especie E. weberi y una a la especie E. microspora. Particularmente, para la cepa E. microspora, se logró complementar la identificación morfológica con métodos moleculares y análisis filogenéticos. La secuencia nucleotídica obtenida de E. microspora representa una contribución para futuros estudios en el marco del análisis molecular de la región ITS1-5.8S-ITS2 del género Escovopsis.

Abstract Yerba mate (Ilex paraguariensis St. Hil.) is a species native to the subtropical regions of South America. Despite being an important crop for the region, there are few studies on the use of microorganisms to improve the growth of seedlings in the nursery stage. The objective of this study was to isolate spore-forming endophytic bacteria with plant growth promoting properties associated with yerba mate seedlings and determine their phytobeneficial effect under controlled laboratory conditions. Isolates were selected based on their sporulation capacity and evaluated for in vitro plant growth promoting properties (nitrogen fixation, phosphate solubilization, production of siderophores and synthesis of indolic compounds). Yerba mate seedlings were inoculated with the most promising isolates, which were identified via analyses of the sequence of their 16S rDNA gene as Bacillus circulans (12RS3) and Bacillus altitudinis (19RS3, T5S-T4). After 120 days plants showed higher root dry weight when inoculated with isolate 19RS3 and higher shoot dry weight with 19RS3 and T5S-T4. In conclusion, further studies to determine the ability of these isolates to adapt to the climatic conditions and to survive amidst the native soil microflora in yerba mate cultivated native soils, will be crucial for developing such strains as biofertilizer.

ABSTRACT The use of lignocellulosic waste constitutes an abundant and inexpensive source; it also offers a solution to the problem of waste disposal. The aim of the study was to evaluate the effect of different conditions of a sequential acid-base pretreatment of pine sawdust, through the release of reducing sugars in the saccharification step. The lignocellulosic material was pretreated in two stages: acid pretreatment (PT1), using sulfuric acid and basic pretreatment (PT2), employing sodium hydroxide at three levels each one: 1, 2 and 3 % in a factorial design. Enzymatic hydrolysis was carried out at 50 ºC and 150 rpm in 50 mL vials. Samples were taken at 0.15, 24, 48, 72 and 96 h. The percentage of acid soluble lignin and the concentration of reducing sugars were determined. The optimum level of each factor favoring the highest delignification corresponded to 3 % sulfuric acid and 3 % sodium hydroxide. The production of reducing sugars was not affected by the PT2, but by the PT1, achieving a maximum for level 0 thereof (2 % of sulfuric acid). The sequential acid-base pretreatment was optimized and it was found that this pretreatment improves enzymatic hydrolysis of pine sawdust respect to unpretreated samples. The amount of reducing sugars obtained was comparable to that obtained by other authors.

RESUMEN El uso de residuos lignocelulósicos constituye una fuente abundante y de bajo costo, que genera, además, una solución al problema de su disposición final. El objetivo del trabajo fue evaluar el efecto de distintas condiciones de pretratamiento secuencial ácido-base de aserrín de pino, sobre la liberación de azúcares reductores en la etapa de sacarificación. El material lignocelulósico se pretrató en dos etapas: la primera, se realizó con ácido sulfúrico (PT1) y la segunda con hidróxido de sodio (PT2), ambas con tres niveles: 1, 2 y 3 % mediante un diseño 32 factorial. La hidrólisis enzimática se realizó a 50 ºC y 150 rpm en frascos de 50 mL. Se tomaron muestras a las 0.15, 24, 48, 72 y 96 h. Se determinó el porcentaje de lignina ácido soluble y la concentración de azúcares reductores. El nivel óptimo de cada factor que favoreció la mayor deslignificación correspondió a 3 % de ácido sulfúrico y 3 % de hidróxido de sodio. La producción de azúcares reductores no se vio afectada por el PT2, pero sí por el PT1, alcanzando un máximo para el nivel 0 del mismo (2 % de ácido sulfúrico). Se optimizó el pretratamiento secuencial ácido-base y se comprobó además que éste mejora la hidrólisis enzimática respecto al aserrín de pino sin pretratar. La cantidad de azúcares reductores obtenidos fue comparable a la obtenida por otros autores.

Ochratoxin A (OTA) is an teratogenic, immunosuppressor, nefrotoxic and carcinogenic mycotoxin produced by the genus Aspergillus and Penicillium. Recent studies demostrated that Aspergillus section Nigri are important producers of this toxin and are part of micobiota found ¡n several foods. The objective of the present work were to investígate genus Aspergillus incidence in composed yerba mate and to determine ochratoxin A production by Aspergillus section Nigri strains. Were isolated 2072 Aspergillus strains from 41 samples of composed yerba mate, of the total 1635 belonging to Nigri section. For detection ochratoxin A production, the strains were cultivated in Czapeck yeast extract agar, at 25 °C for 7 days and the toxin was detected by thin layer chromatography under UV light. From the 1635 strains we studied, to corresponded 40% to A. japonicus var. japonicus, 28% A. japonicus var. aculeatus, 16% A. niger var. niger, 12% A. foetidus, 2% A. carbonarius and 2% A. niger var. awamori. Less than 1% of the strains showed ochratoxin A production in vitro, being the specie unique OTA production A. japonicus var. aculeatus.

Ocratoxina A (OTA) es una micotoxina nefrotóxica, inmunosupresora, teratogénica y potencial mente cancerígena producida por especies de los géneros Aspergillus y Penicillium. Los miembros de Aspergillus sección Nigri son importantes productores de OTA y forman parte de la micobiota de diversos alimentos. El objetivo del presente trabajo fue investigar la incidencia del género Aspergillus en yerba mate compuesta y determinar la capacidad ocratoxigénica de especies de Aspergillus sección Nigri. Se aislaron 2072 cepas de Aspergillus a partir de 41 muestras de yerba mate compuesta, de las cuales 1635 pertenecieron a la sección Nigri. Para la detección de la capacidad ocratoxigénica, las cepas se cultivaron en agar Czapeck extracto de levadura a 25 °C por 7 días y la toxina se detectó mediante cromatografía en capa delgada, bajo luz UV. De las 1635 cepas estudiadas, 40% correspondieron a A japonicus var. japonicus, 28% a A. japonicus var. aculeatus, 16% a A. niger var. niger, 12% a A. foetidus, 2% a A. carbonarius y 2% a A. niger var. awamori. Menos del 1 % de las cepas mostraron capacidad ocratoxigénica in vitro, siendo A. japonicus var. aculeatus la única especie productora de OTA.